セルフメディケーション税制とは、健康維持や病気予防に積極的に取り組む人が、スイッチOTC医薬品（医療用から一般用に切り替わった市販薬）など、厚生労働省が指定したOTC医薬品を1年間に12,000円以上購入した場合、その超過分の一部を所得控除できる制度です。控除の対象となる金額は、購入額から12,000円を差し引いた額で、上限は年間88,000円となります。対象となる医薬品には専用のマークがパッケージやレシートに表示されています。

控除を受けるためには、本人が定期健康診断や予防接種、がん検診などの「一定の取り組み」を行っていることが必要となります。購入した医薬品の費用は本人分だけでなく、生計を一にする家族分も合算して申告できます。ただし、健康診断や予防接種の費用自体は控除の対象外です。

申告の際には、購入した医薬品名や購入日、店舗名を申告書へ記します。また、医薬品購入時の領収書や一定の取り組みを行ったことを明らかにする書類を5年間保存する必要があります。

なお、治療を目的とした自由診療も含めて支払った医療費のうち、1年間に10万円（総所得金額が200万円未満の方は総所得金額の5％）を超えた分を控除できる「医療費控除制度」もありますが、両者を同じ年に併用することは出来ません。どちらか一方を状況にあわせて選択する必要があります。