マイナンバーカードには、安全性を維持するために、カード本体と電子証明書の2種類の有効期限が設定されています。カード本体の有効期限は発行時の年齢によって異なり、18歳以上は発行日から10回目の誕生日まで、18歳未満（申請受付日が2022年4月1日以前の場合は20歳未満）は発行日から5回目の誕生日までです。電子証明書の有効期限は、年齢にかかわらず、発行日から5回目の誕生日までとなっています。いずれの有効期限も、カード表面右上に印字されています。

有効期限が近づくと、期限の2～3か月前を目安に、地方公共団体情報システム機構（J-LIS）から「マイナンバーカード・電子証明書有効期限通知書」が郵送されますので、住民登録のある市区町村窓口で手続を行います。更新手数料は無料です。なお、有効期限が3か月未満になれば、通知到着前でも更新手続が可能です。

2025年度は、マイナンバーカード約1,200万件、電子証明書約1,580万件の更新が見込まれています。カード本体の有効期限が切れると、本人確認書類として使えなくなり、電子証明書の有効期限が切れるとマイナポータルへのログインや証明書のコンビニ交付などが利用できなくなります。どちらの有効期限が切れてもマイナンバー自体は無効になりませんが、カード本体や電子証明書を引き続き利用する場合は更新手続きが必要です。